Už v dějišti šampionátu v Šanghaji FINA ohlásila, že odebrané vzorky krve budou použity na zavedení programu biologických pasů, který využívá například Mezinárodní cyklistická unie.

FINA se během šampionátu zaměřila na to, aby maso v oficiálních hotelech nebylo kontaminováno clenbuterolem. Ten je v čínské stravě poměrně běžný, nicméně Světová antidopingová agentura ho má na seznamu zakázaných látek. Kvůli clenbuterolu například hrozí distanc španělskému cyklistovi Albertu Contadorovi.

O největší dopingový případ v plaveckém světě se postaral ještě před MS Brazilec César Cielo, jenž měl na květnovém mítinku v těle zakázaný furosemid. Vyvázl však pouze s napomenutím, neboť dokázal, že se mu látka dostala do těla z výživového prostředku, který běžně užívá. Díky rozhodnutí arbitráže mohl Cielo na šampionátu startovat a získal dvě zlaté medaile.